חלק גדול ממגילות מדבר יהודה הן מגילות משכתבות מקרא. מגילות אלה שונות מן המגילות הכיתתיות של עדת קומראן משום שאין בהן את אוצר המילים הכיתתי וסגנון הכתיבה הכיתתי.